Glavni oltar
Sastoji se od 3 niše jednakih veličina koje nose kipove svetaca, krasne rezbarske radnje fino pozlaćene. U sredini je Sv. Nikola, zaštitnik pomoraca, lijevo - Sv. Antun opat, zaštitnik težaka, desno - Sv. Andrija, zaštitnik ribara. Ovaj pozlaćeni drveni triptih djelo je Mlečanina Antonija Porija. Radi se o drvenom oltaru nastalom na samom početku 17.st. Oltar je naokolo ukrašen ostacima mornarskih zavjeta - pomorska ikonografija.
    
                                     
    
     Deset drvenih kipova
Nakon 1864. iz župne crkve u Starom Gradu preneseno je u crkvu Sv. Nikole niz kipova apostola, također izrađenih u drvu, čiji je autor Francesco Ciabatta da Treviso. Postavljeni su po karnižunima glavnog broda, u prirodnoj veličini. Od 12 apostola tamo se nalazi 10, dok su ostala dva, prema predaji, prodana pri transportu iz Mletaka.


     Iza oltara je odmah sakristija, koju od 1793. do 1798. grade proto Vicko Štambuk iz Vrbovske te Toma i Ivan Škarpa. Sa strane su tri oltara: Gospe od Navještenja, veoma lijepa slika klasične mletačke škole; Sv. Jerolim (u svim starogradskim crkvama nalazi se slika Sv. Jerolima), sa lijepim mramornim basrelijefom posred mense; Sv. Reparate.      Ovaj treći oltar je pripadao Sv. Križu, no prenesen je 1852. u crkvu Sv. Stjepana, gdje mu je sagrađena posebna kapela. Na oltaru Sv. Reparate nalaze se u raci moći iste svetice, koje su izvađene iz katakombe na veronskom grobištu u Rimu 1674. i bile predane koludricama u ameliji, gdje su ostale do 1889. Te ih je godine dobio za Stari Grad mještanin svećenik Rajmund Maroević, pa su 9. srpnja 1890., uz veliko slavlje i prisustvo biskupa Careva, svih župnika, svećenika i puka čitavog hvarskog otoka, postavljene u ovu crkvu.
     Do oltara Sv. Reparate, iza propovjedaonice, nalazi se zatvor, koji je na vanjskom zidu izbočen poput male kapele, a po sredini se nalazi mali zazidani prozor. Prostor obuhvaća 3-4 m2, a sadašnja su vrata na pulpitu sačinjavala prozor u crkvu. U toj praznini bila je živa zazidana, za pokoru 1560.g., neka 25-godišnja djevojka iz Brača. U molitvi i u pokori provela je 30 godina. Starci pričaju kada je preminula da su joj kose bile do poda, a nokti kao prsti dugi. Tu je i sahranjena. Nekad su se pokopavali mrtvi u toj crkvi, pa je tu bilo grobnica poznatih starogradskih obitelji, ali su te danas sakrivene pločnikom po žalosnom običaju mnogih crkvi.
     U drugoj polovini 18.st. ova najimućnija starogradska bratovština nabavila je srebrninu i uredila crkvu. Antependij od raznobojna mramora na oltaru Sv. Nikole načinio je Andrija Bruttapelle 1770.god. Crkva je temeljito obnovljena 1883.
 

                                          
vanjski izgled - 3D model - lasersko skaniranje